La construcción del seminario se enmarca en el crecimiento de las instituciones eclesiásticas vascas durante el primer tercio del siglo XX. Antes de la creación de la diócesis de San Sebastián en 1949, el territorio guipuzcoano dependía eclesiásticamente de la diócesis de Vitoria. Muchos seminaristas guipuzcoanos realizaban entonces sus estudios en el Seminario Diocesano de Vitoria.
La capilla principal fue abierta al culto en noviembre de 1927. Tras los acontecimientos de la Guerra Civil, tanto la capilla como otras dependencias fueron reconstruidas en 1939.
En 1954 se inauguró el edificio actual pasando a desempeñar un papel central en la formación del clero diocesano guipuzcoano de la época.
En la actualidad ya no quedan seminaristas en sus aulas. El edificio alberga actualmente una biblioteca con 150000 volúmenes (incluido el fondo bibliográfico de José Tellechea Idígoras), junto con otras instituciones diocesanas como el Colegio Manuel de Larramendi.

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